蛋白组 / 代谢组 / 脂质组

原理

DIA（数据非依赖采集）蛋白组一次性定量数千种蛋白；非靶代谢组无偏扫描小分子谱；脂质组聚焦囊泡膜的鞘脂/PC/PE 构成。三者与小 RNA 交叉，是高分文章「cargo 全景」叙事的数据基座。

材料与试剂

• Thermo Astral/QE/HF-X 质谱平台
• 酶解与肽段纯化耗材
• LC-MS/MS 联用系统

详细步骤（可照做）

共 4 步 · 参数以标准样本量为准，请按实际情况等比调整

1. 1

   蛋白组（DIA）：囊泡裂解 → 还原烷基化 → 胰酶酶解 → 肽段 clean-up → DIA 上机 → 库检索定量（推荐送样 10 μg）。

2. 2

   代谢组（LC-MS/MS 非靶）：样本甲醇沉淀蛋白 → 上机正负离子切换扫描 → 特征峰注释与半定量。

3. 3

   脂质组：Folch 法萃取脂质 → LC-MS 相对定量 → 鞘脂/甘油磷脂分类统计。

4. 4

   数据分析：PCA/L-OPLS-DA 降维 → 差异分子筛选 → 通路富集 → 与 sRNA-seq 结果交叉验证。

关键参数速查

⚠️ 常见坑与避坑指南

• 外泌体脂蛋白（尤其血浆来源）严重干扰代谢组——分离纯度先行
• 多组学不是越多越好：围绕科学问题选 2 种互补组学胜过盲目堆砌
• 植物代谢组与通用代谢组的数据库不同，植物样本务必选专用 panel