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small RNA 测序与解读

Small RNA Sequencing

🧬 组学分析 板块|演示环境 · 内容持续校订中

一句话总结：解析囊泡 miRNA 全景的标准手段：从建库到差异表达再到靶点预测的完整链条。

原理

18–30 nt 小 RNA 加接头建库后高通量测序。经比对注释得到已知与新 miRNA 表达谱，组间差异分析锁定候选功能分子，再经靶基因预测与通路富集把「表达差异」翻译为「机制线索」。

材料与试剂

  • Qiaseq 建库试剂盒
  • illumina 测序平台
  • 生信分析流程（Cutadapt/miRDeep2/DESeq2 等）

详细步骤（可照做）

共 6 步 · 参数以标准样本量为准，请按实际情况等比调整

  1. 1

    RNA 质控合格后进行 3′/5′ 接头连接与反转录建库。

  2. 2

    文库质控（片段大小/浓度）后上机测序，标准数据量 10M reads（3G RAW）。

  3. 3

    生信：去接头去重 → 长度筛选（18–30 nt）→ 注释已知 miRNA（miRBase）+ 新 miRNA 预测（miRDeep2）。

  4. 4

    定量归一化（TPM）→ 组间差异分析（DESeq2，|log2FC|>1 & padj<0.05）。

  5. 5

    候选 miRNA 靶基因预测（miRanda ∩ TargetScan 取交集）。

  6. 6

    靶基因 GO/KEGG 通路富集 → 锁定与研究目的相关的候选分子清单。

关键参数速查

标准数据量10M reads/库
生物学重复≥3（严谨设计建议 2 批次 × 3）
交付内容表达矩阵 / 差异列表 / 火山图 / 热图 / 靶点网络
解读关键高丰度 + 保守性 + 靶通路契合 三条标准筛候选

⚠️ 常见坑与避坑指南

  • 没有生物学重复的测序无法做差异分析——预算再紧也要保 n=3
  • 植物 EV 的 miRNA 跨物种作用存在争议区间，论文表述需谨慎（引用跨界调控证据链）
  • 测序结果必须用茎环 qRT-PCR 独立验证才算数

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本项目服务：转录组（miRNA）测序含税参考价：1,000 元/样周期：20 个工作日
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