长链非编码RNA常用数据库

1.    lncRNABase

http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php

提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型（>6000个样本）Pan-Cancer（泛癌）表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。2.    LNCipedia

http://www.lncipedia.org

对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。

3.    ChIPBase

http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。

4.    lncRNAdb

http://www.lncrnadb.org/

 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。

5.    LncRNADisease

http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease

提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。

6.    NONCODE

 http://www.noncode.org

提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到第三版。

7.    NRED

http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/

提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。

环状RNA(circular RNA,circRNA)数据库

1.    circRNABase

http://starbase.sysu.edu.cn/mirCircRNA.php

整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。

2.    circBase

http://www.circbase.org/

收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。

3.    circ2Traits

http://gyanxet-beta.com/circdb/

收集与疾病或性状相关的circRNA数据库。