一、microRNA数据库

1.miRBase

http://www.mirbase.org/

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。miRBase设在英国曼彻斯特大学生命科学学院, 由英国研究理事会和威康信托基金会桑格研究所资助。

2.miRecords

http://mirecords.biolead.org/

动物 miRNA的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS. 美国明尼苏达大学。

3.PMRD

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。中国北京中国农业大学。

4.CoGeMiR

http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。意大利Teletho医学遗传研究所。

5.miRWalk

http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。德国海德堡大学。

6.TarBase

http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。希腊瓦尔基扎分子肿瘤学研究所。

7.miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html

miRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。韩国汉城梨花女子大学。

8.miRGen

http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html

miRGen是一个整合型数据库,包括：（i）动物miRNA和基因组元件之间的位置关系；（ii）通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。美国宾夕法尼亚大学。

9.miRNAMap

http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。台湾新竹国立交通大学生物信息学研究所。

10.Vir-Mir

http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。台湾台北中央研究院生物医学科学研究所.

11.ViTa

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。台湾新竹国立交通大学生物信息学研究所。

12.ASRP Database

http://asrp.danforthcenter.org/

ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。美国俄勒冈州立大学。

13.miRNApath

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。巴西圣保罗大学遗传学系。

14.miRex

http://miracle.igib.res.in/mirex/

miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库，搜集，整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据，它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。印度基因组学和整合生物学研究所。

15.PolymiRTS

http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/

自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库. 美国田纳西大学健康科学中心。

二、microRNA研究软件

1.SeqBuster

http://seqcluster.readthedocs.org/mirna_annotation.html

a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.

2.WMD3

http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi?

WMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.

3.TargetScan

http://www.targetscan.org/

TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。美国Whitehead生物医学研究所信息和研究计算。

4.microRNA.org

http://www.microrna.org/

miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。美国Memorial Sloan - Kettering癌症中心（MSKCC计算生物学中心）。

5.PicTar

http://www.pictar.org/

icTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标（例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA）。德国柏林马克斯德尔布吕中心和纽约大学比较功能基因组学Rajewsky实验室。

6.RNAhybrid

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.德国Bielefeld大学。

7.microInspector

http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/

microInspector提供miRNA结合位点的预测。 希腊伊拉克利翁分子生物学和生物技术研究所和保加利亚普罗夫迪夫大学。

8.TripletSVM

http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/

TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序. 中国北京清华大学。

三、microRNA功能和作用网站

TransmiR

http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir

TransmiR是关于转录因子的microRNA调节的数据库，对于用于学术研究室免费的。中国北京大学。

miR2Disease

http://www.mir2disease.org/

miR2Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息. 中国哈尔滨工学院。

S-MED

http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php

S-MED（肉瘤microRNA表达数据库）是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。美国明尼苏达大学。

四、MicroRNA靶基因预测网站链接